真一理论
回族医学思想体系最显著的特点受伊斯兰教的影响而形成的是“真一理论”由伊斯兰医学大师拉齐提出，其来源于《古兰经》和《圣训》。伊斯兰哲学思想认为：冥冥之中确是存在着一种超自然的力量，主宰着整个宇宙中的一切。这个超自然的力量、这个宇宙的主宰，伊斯兰教称这为“安拉”。中国穆斯林称“安拉”为“真主”（意即真正意义上的主宰），西北的维吾尔族和撒拉族等突厥民族亦称“胡大”（源自波斯语译音）。“真一理论”学说认为真主创造了宇宙万物，而医学作用的对象是真主造化的人类，人（机体）是一个微观小宇宙，被真主造化的人是一个具有外在的血肉之躯和内在灵魂紧密相联系的统一体。回族医学认为机体的生理及疾病所导致的病理变化皆在“真一流溢”范畴之中，从而演化出：数一（无极、元气）、阴阳、天地、四元三子、四液四性的人及万物的生理和病理体系。
“真一”的内涵包括以下四个方面：
1）唯一性。真一是绝对抽象理念的单一，而不是人们计量常用“自然数”的一。真一绝对独一而无对偶，有二则非“真一”，所谓“唯一非数，是数皆一”。
2）存在性。真一是“无名无地之始，有名万物之母”，真一是“惟兹实有”。。
3）无限性。真一即“执一含万”，又与“万类无干”，且“一本万殊”和“万法归一”。
4）非体性。“真一本然，非从所生，亦无从生，，无似相、无往来、无始终、无处所、无时光、无依赖、无气质”。
元气学说：
回族医学认为，在宇宙没有形成以前的“先天”世界，充满一种混沌状态的物质，“中含妙质，是谓元气”。在伊斯兰哲学中，“顿拉底”(溟渣)的概念与此类似，并引申为“第二实有”、“原动精神”。即 “不得仅名之为气，而必名之曰元气”。 “元者，一切精粹之所聚；气者，一切精粹所寓之器”。
元气“此为万物之本原，而载万里”；“乃天地万物之一粒种子”，所谓“有名万物之母者，即此。”并且“无不于此元气之所发露，而因之发露焉”。
当元气“发露”，开始“自然生化”，并形成“真一化育之事，皆由其代为发挥。”并成为“先天之末，后天之根。”这里说的“后天”即“后天形器”世界，也就是回族医学常说的“大世界”(整个宇宙)和“小世界”(人身)。
具有生化能力的元气，不仅成为“后天形器”(物质)世界，一切有形无形事物的本原，而且从承元妙化，首判阴阳到“唯独人也，妙化天真”，元气统摄生生化化生一贯到底。这里有著名哲理古诗为证：“承元妙化，首判阴阳／阳舒阴敛，变为火水／火水相搏，爰生气土／气火外发，为天为星／土水内积，为地为海／高卑既定，庶类中生／…故唯人也，妙合元真。”